沢山あるので到底追いきれないし、自分のみかけたもの、注目したものしか挙げられないのですが
・はてな住所登録問題
はてなへの住所登録の義務化撤回について
・「相手は生身の女の子なんだぞ！」
はてなブックマーク - ゲームセンターに明日はあるの？（跡地）
・ブロガーの病理とかなんとか
はてなブックマーク - まさに「ブロガーの病」とでも言うべき - 砂上のバラック
・はてな人物辞典削除問題
はてなブックマーク - 煩悩是道場 - はてな人物辞典@Wikiが大嫌い
・ルワンダと関東大震災関連
ルワンダ虐殺と関東大震災の朝鮮人虐殺とは異なる - finalventの日記
・チャーチルさん関連
読んでみたら面白い、という最悪
・rir6さん関連
澄良木修司さんのrir6さんに対する行動について - ARTIFACT@ハテナ系
・非モテとかミソジニー界隈
（もはやまとめようが無いのでよくわかりません）
・うしじまさんの昔の話
[草実]ヤリマンさん周辺の話
・コミケ襲撃未遂問題
アキハバラ解放デモ実行委員会コミケ襲撃未遂事件についての疑問。JSFさんはコミケスタッフをやっているnewさんの記事に何でコメントしないんだろう - ARTIFACT@ハテナ系
・はしごたん関連
はしごたんまとめ - 萌え理論ブログ
・フルカツさん関連
深夜に交わされた何通かのメール - 世界の中心で左右をヲチするノケモノ 【勃興編】
・「要は、勇気がないんでしょ」
要は、勇気がないんでしょ？ - Attribute=51
・「アニオタが非オタの彼女にアニメ世界を軽く紹介するための10本」
アニオタが非オタの彼女にアニメ世界を軽く紹介するための10本
・図書館ホームレス問題
図書館がホームレス排除に苦心しているとかいう件についての私からの提案 - planet カラダン
・『日本語が亡びるとき』騒動
『日本語が亡びるとき』を読まずに騒動だけ見た感想 - ARTIFACT@ハテナ系
・東浩紀の東工大授業の件
次は、トラメガを持って東工大に行きますーーポストモダニズムを体で感じて、人類に希望をもった話（重要な追記あり） - 催涙レシピ
・南京大虐殺関連（継続中、というかはてな永遠の…）
主要エントリリスト（「慰安婦問題は朝日の捏造！」説関連） - Apes! Not Monkeys! はてな別館
・トリアージ騒動（派生が多い騒動ですよね）
今更振り返るトリアージ騒動 - ARTIFACT@ハテナ系
・日の丸うんこ（これも…）
末永くお幸せに - Danas je lep dan.
・消毒さん
三度の飯より他人の揉め事が好きな犬の見た消毒さん - ARTIFACT@ハテナ系
・獣は檻に論争（およびNaokiTakahashiさん関連）
「獣は檻に」を使うべきでない3つの理由 - いろいろとツギハギした悲しいダイアリー
NaokiTakahashiの筋の悪さについて（追記アリ - 地下生活者の手遊び
・ソラノート事件
http://d.hatena.ne.jp/Francesco3/20110402/1301713157
・真性引き篭もりさん関連
真性引き篭もりの活躍をテキストサイト時代の話にしないで! - ARTIFACT@ハテナ系
・ヘイトスピーチに反対する会関連
ヘイトスピーチに反対する会の行動を支持しません - 情報の海の漂流者
・MidasさんとD_Amonさん問題
何となくまとめてみる - 誰かの妄想・はてな版
・ハックルさん（いろいろあるのでこれだけリンクしても…ですが）
8/12にハックルさんを迎えてはてな村反省会のUstream中継をします／ハックルさんへの質問を募集します - ARTIFACT@ハテナ系
・はてサリトマス試験紙問題
はてサ（はてなサヨク）判定としての週刊朝日橋下報道事件 - ARTIFACT@ハテナ系
単に話題になっただけで、揉め事じゃないだろ、みたいのもありますが。リンク先のサイトはとりあえず見つけたサイトなので、大抵は一方からの内容だったりしますからご注意を。
定期的に勃発する話題としては、地方と東京格差問題とか。
…実存さんとかトニオさんとかの件は、まあその、自分でググってくださいね…
昔のいかにもはてなっぽい揉め事とか、ここ見てると、あー、みたいになる。
MOHI-FACT - モヒカン族
退会した人のid眺めていると、よみがえるあの思い出、この思い出…muffdivingさんとか、Mr_Rancelotさんとか、お元気だろうか。
最近の揉め事をさっぱり認識していない…まおゆう論争とかも入るんだろうか。いまホットなのは青二才さん関連かな。イケハヤさんの件とかは、はてなで盛り上がっている人が多い、ということで、はてなの揉め事、ではないわねえ…。
注目度はさっぱりですが、個人的に長年続いてるなあ…と注目しているのはbogus-simotukareさんとnoharraさん
シリーズ連載「北朝鮮帰国者の生命と人権を守る会」を笑おう（追記・訂正あり） - bogus-simotukareの日記
toroopさんとMukkeさんとT-3donさんとsionsuzukazeさん
上っ面の苦悩や自省 - 徒労の雑記
sionsuzukazeさんは何を自省なさったか - 徒労の雑記
………
なお、正史の語り部による『はてなの歴史』ということになると、こういうことになります
はてなの歴史 - シナトラ千代子
はてな創世記 - シナトラ千代子
………
皆様のブックマークで、書き漏らしたものをいろいろ補完いただいております
はてなブックマーク - はてな揉め事史 - 日毎に敵と懶惰に戦う
